Sejak tahun 1960-an telah ada kesadaran akan kebutuhan dokter kesehatan kapal atas air, dokter kapal selam, dokter penyelaman dan hiperbarik dilingkungan Kementerian, Tentara Nasional Indonesia, BUMN dan swasta. Para pihak yang berkepentingan selanjutnya mengirimkan beberapa dokter untuk mengikuti kursus singkat maupun program non degree dibagian Occupational Health Medicine dengan minatan Maritime Medicine maupun Hyperbaric Medicine. Para dokter tersebut menjadi pelopor gagasan untuk mendirikan program studi dokter spesialis kedokteran kelautan.
Pada tahun 1995, Akademi Ilmu Pengetahuan Indonesia Bidang Kedokteran (AIPI) sependapat dengan Konsorsium Ilmu Kesehatan (CHS) bahwa ilmu kedokteran mencakup ilmu biomedik, ilmu kedokteran klinik, dan ilmu kedokteran komunitas. Untuk pengembangan kedokteran komunitas, CHS telah mengadakan pertemuan dengan instansi terkait dan kelompok profesi dalam kedokteran komunitas pada mulai September sampai Oktober 1997. Pada tanggal 5 November 1997 disepakati bahwa sifat dan jenis program pendidikan lanjut ilmu kedokteran komunitas ialah pendidikan dokter spesialis yang salah satunya, yaitu program studi ilmu kedokteran kelautan. Pada tahun 1998 Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan (Dirjen Dikti Kemendikbud) menerbitkan Katalog Program Studi Ilmu Kedokteran Kelautan. Pada Juli 1998, Pengurus Besar Ikatan Dokter Indonesia (PB IDI) mengeluarkan surat keputusan tentang spesialis ilmu kedokteran kelautan. Pada tanggal 11 Febuari 2000, PB IDI mengeluarkan surat keputusan tentang pengakuan dokter spesialis kedokteran kelautan, kepada 19 orang dokter. Pada tangal 1 Februari 2006, Majelis Kolegium Kedokteran Indonesia (MKKI) mengeluarkan surat keputusan tentang pengesahan program studi dokter spesialis kedokteran kelautan sebagai program studi pendidikan dokter spesialis 1 (PPDS-1). Pada tanggal 12 Januari 2009, dengan persetujuan Ketua MKKI, Kolegium Kedokteran Kelautan Indonesia mengeluarkan surat keputusan tentang pengakuan penyetaraan dokter spesialis kedokteran kelautan kepada 43 orang dokter, Pada tanggal 16 September 2009, modul program studi dokter spesialis kedokteran telah disahkan oleh Dirjen Dikti Kemendikbud dan Majelis Kolegium Kedokteran Indonesia di Denpasar. Pada tahun 2021, kembali dilakukan pemberian brevet Spesialis Kedokteran Kelautan dan tiga subspesialis, yaitu subspesialis penyelaman dan hiperbarik, kepelautan dan transportasi air, serta pelabuhan dan pesisir kepada beberapa dokter di Indonesia.
Adalah tidak mungkin selamanya dokter spesialis kedokteran kelautan hanya dihasilkan dari pemutihan dan pemberian gelar dari Kolegium, bukan dari suatu proses pendidikan formal yang diakui. Dalam kurun waktu 2006 hingga 2023, saat PPDS KL FK UNRAM diajukan, maka sudah lebih dari 17 tahun usaha pendirian PPDS KL di Indonesia belum terwujud. Dengan demikian, usaha pendirian PPDS KL FK UNRAM menjadi sangat krusial untuk segera terbentuknya program pendidikan yang pertama menghasilkan dokter spesialis kedokteran kelautan.
Dokter spesialis Kedokteran Kelautan (Sp.KL) memiliki kolegium yang telah diakui oleh IDI (Buku Tata Kelola (Kompendium) Majelis Kolegium Kedokteran Indonesia) sejak tahun 2006 dan diperkuat oleh keputusan Konsil Kedokteran Indonesia Nomor 45/KKI/KEP/X/2019 tentang Perubahan Kedua atas Keputusan Konsil Kedokteran Indonesia Nomor 5/KKI/KEP/I/2019 Tentang Daftar Percabangan Ilmu Kedokteran dan Kedokteran Gigi.
Menurut SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Riset, dan Teknologi Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi Republik Indonesia No.163/E/KPT/2022 tentang Nama Program Studi, pada bagian Program Studi Pada Jenis Pendidikan Profesi, Program Studi pada Program Spesialis (Sp.) nomor 23 Kedokteran Kelautan (Maritime medicine) dengan gelar K.L. Untuk Subspesialis dalam Kedokteran Kelautan di bagian Program Studi Subspesialis di nomor 33, terdiri atas Kepelautan dan Transportasi Air (K.T(K)), Penyelaman dan Hiperbarik (P.H(K)), dan Pelabuhan dan Pesisir (P.P(K)).
Pendirian PPDS KL Fakultas Kedokteran Universitas Mataram (FK UNRAM) tidak terlepas dari sejarah pembentukan FK UNRAM yang dimulai dari berdirinya Program Studi Pendidikan Dokter (PSPD). Program studi ini berdiri pada tahun 2003 dibawah binaan Fakultas Kedokteran Universitas Udayana. Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Mataram (UNRAM) berdiri pada tanggal 18 Juni 2003 berdasarkan izin Operasional Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No. 123/D/T/2003 yang telah diperpanjang dengan SK Perpanjangan Izin Operasional Dirjen Dikti No. 899/D/T/2007, tanggal 20 April 2007. Fakultas kedokteran UNRAM menjadi fakultas dan mandiri sejak tahun 2007 berdasarkan SK Rektor No. 10.146/H18/ HK/2007 per tanggal 25 Agustus 2007. FK UNRAM menggunakan Kurikulum Berbasis Kompetensi sejak 2007.
Fakultas Kedokteran Universitas Mataram mendapatkan akreditasi A oleh LAM-PTKes untuk meningkatkan kualitas pendidikan kedokteran sehingga dapat mendukung pembangunan Sumber Daya Manusia di Nusa Tenggara Barat. Program Studi Sarjana Kedokteran UNRAM berdasarkan keputusan LAM-PTKes no. 0481/LAM-PTKes/Akr/Sar/VIII/2017 dan Program Studi Profesi Dokter UNRAM berdasarkan keputusan LAM-PTKes no. 0482/LAM-PTKes/Akr/Pro/VII/2017 telah terakreditasi dengan peringkat A per tanggal 26 Agustus 2017. Fakultas Kedokteran UNRAM yang berubah nama menjadi Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UNRAM juga meraih Akreditasi Unggul pada tahun 2022.
Usaha pendirian PPDS KL FK UNRAM dimulai dari dikeluarkannya surat tugas dari Kolegium, tertanggal 14 Maret 2022, Nomor: S.Gas/0001/KKK/III/2022 tentang Tim Pendirian Program Studi Dokter SpesialisKedokteran Kelautan Fakultas Kedokteran Universitas Mataram kepada FK UNRAM yang selanjutnya ditindaklanjuti oleh Dekan FK UNRAM dengan mengeluarkan Surat Tugas Nomor 1406/UN18.F7/DT/2022 menunjuk Dr. Dr. Yoga Pamungkas Susani, MmedEd., Sp.KL., Subsp. PP (K) selaku Ketua, dr. Putu Suwita Sari, SpKL., Supsp. KT (K) selaku sekretaris, dr. Wahyu Sulistya Affarah, MPH., SpKL., Subsp. PP (K), dr. Bayu Tirta Dirja, PhD., SpKL., Subsp. KT (K), Dr. dr. E. Hagni Wardoyo, SpMK., SpKL., Subsp. PH (K), Dr. dr. Ida Ayu Eka Widiastuti, MFis., SpKL., Subsp. PH (K) sebagai anggota dari Tim Pendirian Program Studi Pendidikan Dokter Spesialis Kedokteran Kelautan. Program Studi Pendidikan Dokter Spesialis Kedokteran Kelautan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Mataram (PPDS KL FKIK UNRAM) adalah program PERTAMA YANG LAHIR DI INDONESIA. PPDS KL FKIK UNRAM telah resmi mendapatkan izin berdiri melalui Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Nomor 539/E/O/2023. Program Studi Kedokteran Kelautan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Mataram (FKIK FK UNRAM) bercita-cita untuk memajukan derajat kesehatan masyarakat di provinsi Nusa Tenggara Barat terutama untuk masyarakat kelautan dan pesisir.