Program Pendidikan Profesi Dokter merupakan bagian integral dari kurikulum Pendidikan dokter. Mahasiswa yang telah menyelesaikan Pendidikan pada tahap sarjana kedokteran (Fase Akademik) akan memasuki tahap profesi (fase klinik). Pada Pendidikan Profesi Dokter ini, mahasiswa akan mengaplikasikan seluruh ilmu yang telah diperoleh pada tahap akademik dengan bimbingan dari seluruh dosen Fakultas Kedokteran Univesitas Mataram dan dosen tidak tetap pada Rumah Sakit Pendidikan Utama dan RS Jejaring.
Sebelum memasuki Program Pendidikan Profesi Dokter, semua mahasiswa akan mengikuti serangkaian kegiatan mulai pemeriksaan Kesehatan fisik dan Psikiatri, Keterampilan Medik Komprehensif, sumpah dokter dan pembekalan. Pembekalan yang diberikan meliputi Bantuan Hidup Dasar, Penanggulangan Bencana, Mutu dan Keselamatan Pasien, Aspek Hukum dan Manfaat Rekam Medis, Pengendalian Infeksi , Etika Kedokteran dan Program Pengendalian Resistensi Antibiotika (PPRA). Setelah menyelesaikan rangkaian tersebut, mahasiswa akan memasuki Rotasi Klinik di 14 Bagian termasuk Bagian Muatan Lokal dan diharapkan menyelesaikan dalam waktu 23 bulan. Setelah mahasiswa dinyatakan lulus pada semua Bagian, selanjutnya akan mengikuti program pembekalan Uji Kompetensi Mahasiswa Program Profesi Dokter (UKMPPD) dan setelah dinyatakan lulus UKMPPD Nasional, mahasiswa akan menjalani sumpah dokter sebagai tanda kelulusan.
Setelah menjalani semua tahapan Pendidikan di Fakultas Kedokteran Universitas Mataram, mahasiswa Tahap Profesi Dokter diharapkan mempunyai kompetensi dokter umum sesuai Standar Kompetensi Dokter Indonesia (SKDI) dan mempunyai keterampilan dalam mendiagnosis dan melakukan penanganan kasus kegawatdaruratan pada daerah pesisir.